A une quarantaine de mètres l’ouest de l'enclos extérieur, se trouvaient cinq fosses contenant des corps en position accroupie. Elles se répartissent sur une surface de 300 m2 sur une légère éminence du terrain. Les individus ont tous été inhumés dans la même position, assis sur la jambe gauche, le genoux droit levé, et selon une même orientation, regardant l’est ou bien le centre de la villa. L'étude anthropologique réalisée par L. Pecqueur (Inrap) invite à considérer qu'il s'agit d'inhumations en espace colmaté, aucun indice de traitement particulier des corps n'ayant été relevé. Ces inhumations ne contenaient aucun mobilier d’accompagnement. Seules les datations 14C permettent de les mettre en relation avec la villa.
Des inhumations du même type ont été retrouvées dans l’ensemble de la Gaule et dans des contextes différents, comme dans le village d’Acy-Romance dans les Ardennes, le sanctuaire de Saint-Just-en-Chaussée (Oise) ou le fanum d’Avenches (Suisse). Elles sont toutefois à chaque fois en relation avec un espace à vocation cultuelle, ce qui pourrait bien être aussi le cas à Batilly.
La villa des Pierrières à Batilly-en-Gâtinais est sans conteste le site le plus important du secteur. Cependant, il est loin d’être isolé. En effet, les survols aériens de Dominique Chesnoy, et les différentes couvertures satellitaires, consultables sur internet, telles que Geoportail ou GoogleMaps, mettent en évidence l’extrême densité d’occupation de ce secteur. Au nord et au sud, les établissements ruraux les plus proches sont situés respectivement à 400 m, pour l’établissement de Barville, “Le Clos Roi”, et 300 m pour celui de Batilly-en-Gâtinais, “Tournemotte”. De manière générale, on a repéré un établissement rural gaulois tous les 400-500 m dans cette partie du Gâtinais. Nous sommes donc en face d’une campagne densément peuplée et exploitée.
Un certain nombre de ces habitats ruraux reprennent l’organisation déjà identifiée à Batilly : ils possèdent un petit enclos carré, enserré dans un enclos trapézoïdal plus grand. Seule la taille diffère : si Batilly atteint les 20 ha, ces autres sites ne couvrent généralement que 3 ou 4 ha. L’un d’entre eux, Boynes, “La Porte de Puiseaux” a été partiellement fouillé. On a pu constater que la céramique qui y a été mise au jour, est identique à celle de Batilly. Les deux sites sont donc non seulement contemporains, mais ils semblent être approvisionnés par un même atelier de potiers.
Les autres sites ne sont actuellement pas datés de manière précise et on ne peut pas être sûr qu’ils soient tous contemporains de la villa des Pierrières. Pour la fin de l’âge du Fer, en particulier à partir du IIIe s. av. J.-C., la Gaule se couvre de fermes encloses par des systèmes de fossés et talus. En France, on connaît actuellement plusieurs centaines de ces établissements ruraux. Ils peuvent ne couvrir que quelques milliers de m2, mais également s’étendre, parfois, sur plusieurs hectares, comme c’est le cas pour le site de Batilly-en-Gâtinais. Ces différentes catégories de sites ne disparaissent pas lors de la conquête romaine, mais continuent pour une bonne part à prospérer. La réorganisation administrative de la Gaule, engagée par Auguste à la fin du Ier s. av. J.-C., ne semble pas non plus affecter ces établissements. Au début de la période romaine, la majorité d’entre eux utilise toujours une architecture de terre et de bois. En fait, dans les campagnes de Gaule, l’utilisation de l’architecture en pierre ne se généralise que dans la seconde moitié, voire dans le dernier tiers du Ier s. de notre ère. C’est à cette époque qu’apparaissent les grandes « villae classiques » qui vont coexister avec des exploitations rurales plus modestes. Les établissements ruraux autour de Batilly s’inscrivent parfaitement dans cette évolution.